После долгих лет ремонта и приведения в порядок окружающей территории музей открыл свои двери для посетителей 7 июня 2003 года. Вниманию томичей и гостей города была представлена экспозиция «Первый век Томска», подготовленная в преддверии 400-летнего юбилея города. Также к юбилейной дате усилиями учреждения «Томск исторический» рядом со зданием Музея была возведена полномасштабная реконструкция «Спасской башни» XVII в, а вдоль восточной и южной кромки мыса выстроена ограда, стилизованная под бревенчатый частокол.
В основу музейной деятельности сегодня заложено понятие «исторический город», а задачами коллектива являются изучение и презентация истории г. Томска XVII–XX вв. Среди приоритетных направлений музейной деятельности можно назвать сбор и хранение музейных предметов, их изучение и показ. В залах музея, где располагается основная экспозиция и проходят временные выставки, а также в исторической части города регулярно проводятся экскурсии. Другим важным направлением стала просветительская деятельность – музей круглогодично ведет педагогическую работу, в основе которой лежат тематические занятия со школьниками по изучению истории родного города и края.